Nicht touristisch erschlossene Höhlen sind nach der Fauna-Flora-Habitatrichtlinie der Europäischen Union als Lebensraumtyp 8310 erfasst.
Für diese Lebensraumtypen sind nach der FFH-Richtlinie besondere Schutzgebiete auszuweisen. Diese Einstufung hat besonders strenge Schutzvorschriften im Falle von Eingriffen zur Folge (vgl. Art. 6 FFH-Richtlinie: FFH-Verträglichkeitsprüfung).
Im Bundesnaturschutzgesetz sind Höhlen und naturnahe Stollen als besonders geschützte Biotope geführt.
Nach § 30 des Bundesnaturschutzgesetzes werden bestimmte Teile von Natur und Landschaft, die eine besondere Bedeutung als Biotope haben, gesetzlich geschützt (allgemeiner Grundsatz).
Handlungen, die zu einer Zerstörung oder einer sonstigen erheblichen Beeinträchtigung der Biotope führen können, sind verboten. Zu den Biotopen zählen offene Felsbildungen, Höhlen sowie naturnahe Stollen, Fels- und Steilküsten sowie Quellbereiche.
Andere Karsterscheinungen, wie zum Beispiel Dolinen und Erdfälle, können zusätzlich nach den einzelnen Landesnaturschutzgesetzen als Biotope geschützt sein.
Gesetzlicher Fledermausschutz
Nach § 39 Abs. 6 des Bundesnaturschutzgesetzes ist es verboten, Höhlen, Stollen, Erdkeller oder ähnliche Räume, die als Winterquartier von Fledermäusen dienen, in der Zeit vom 1. Oktober bis zum 31. März aufzusuchen; dies gilt nicht zur Durchführung unaufschiebbarer und nur geringfügig störender Handlungen sowie für touristisch erschlossene oder stark genutzte Bereiche.